Der Herzog von Siebenbürgen, Stefan Bátory, bestieg den polnischen Thron 1575 als Ehemann von Anna Jagiełłonka, der Tochter von Zygmunt I. Stary und Bona Sforza. Seine Regentschaft begann in einer für Polen schwierigen Situation: Die männliche Linie der seit Ende des 14. Jh. regierenden Jagiellonendynastie war erloschen. Der 1574 erste gewählte polnische König Henri III. Valois setzte sich nach knapp vier Regierungsmonaten (Februar bis Juni 1574) nach Frankreich ab. Aus dem Osten stellte Iwan IV. (der Schreckliche) eine Gefahr dar, der bereits Livland schrittweise einnahm, und die Staatsfinanzen waren aufgebraucht.

Obwohl der Adel am 15. September 1575 Bátory zum König erklärte, bemühte sich Kaiser Maximilian um die polnische Krone. Drei Tage vor der Königswahl von Bátory wurde der Kaiser von Bischof Jakób Uchański zum polnischen Herrscher erklärt, was auf die volle Zustimmung des Adels stieß. Dies hätte fast zum Bürgerkrieg geführt, wenn der Kaiser nicht gestorben wäre. Um die Rechtmäßigkeit der Wahl des Herzogs von Siebenbürgen zu gewährleisten, wurde er mit der letzten Nachfolgerin aus der Jagiellonendynastie, Anna, verheiratet. Die polnische Prinzessin war mit ihren 50 Jahren fast 10 Jahre älter als ihr Mann. Die Ehe entsprach den Forderungen anderer, mit den Jagiellonen verwandter Geschlechter. Mit ihr konnte Bátory den polnischen Thron beanspruchen.

Bátorys Regierungszeit war sehr konfliktreich. Die meisten Auseinandersetzungen spielten sich im Osten ab. 1563 besetzte der russische Zar Iwan IV. (der Schreckliche) Połock und Livland bis zum Fluss Dwina. Er wollte die instabile politische Lage in Polen ausnutzen und weiter expandieren, stieß aber bei Stefan Bátory auf hartnäckigen Widerstand. Nachdem Bátory 1579 ein Bündnis mit dem schwedischen König Jan geschlossen hatte, drang er an der Spitze der polnisch-litauisch-schwedischen Truppen in die besetzten Gebiete ein und befreite Połock. 1580 eroberte er die Festung Wielkie Łuki zurück und 1581 nahm er nach der Belagerung von Psków mit Iwan Verhandlungen auf, die zum Frieden von Jam Zapolski (1582) führten. Dadurch bekam Polen Livland und der Zar die von Polen besetzten großrussischen Gebiete zurück.

Es kam aber auch zu inneren Konflikten. 1577 erhob sich die Stadt Danzig, die die Habsburger unterstützte, zu einem Aufstand. Die von den Danziger Kaufleuten zu Hilfe gerufene dänische Flotte verteidigte die Stadt von der Seeseite her. Und eine aus Söldnern bestehende, schottische Infanterie stärkte die Kräfte auf dem Festland. In dieser Situation verzichtete der König auf die Unterwerfung von Danzig und gab sich mit einem Tribut von 200 000 Zloty zufrieden, die er im Kampf gegen Iwan IV. einzusetzen gedachte.

Stefan Bátory starb am 12. Dezember 1586, als man sich gerade intensiv für den nächsten Ostfeldzug vorbereitete und Verbündete gegen die ständig wachsende Gefahr seitens der Türken suchte. Sein Tod kam urplötzlich, so dass man - allerdings zu Unrecht - seine beiden Hofmediziner verdächtigt hat, ihn vergiftet zu haben.

Wussten Sie schon... ...dass Stefan Bátory trotz seiner Kriegslust als ein überaus toleranter Herrscher galt? Erst der Adel ermöglichte ihm die Thronbesteigung. Zum Adel gehörten viele Protestanten und Arianer, d. h. Anhänger der Lehre des Arius, 4. Jh., wonach Christus mit Gott nicht wesenseins, sondern nur wesensähnlich sei. Bátory erstickte jedwede Form der Verfolgung Andersgläubiger im Keim. Er verurteilte die Schändung eines protestantischen Friedhofs durch Krakauer Studenten 1577 genauso wie 1581 den Bischof Jerzy Radziwiłł aus Anlass der Verbrennung protestantischer Bücher in Vilnius. 1579 erließ er ein Gesetz, wonach jegliche Überfälle auf Häuser und Heiligtümer Andersgläubiger mit dem Tode bestraft werden konnten. Seiner Überzeugung nach sollte die Verbreitung des Glaubens nicht durch Gewalt und Verfolgung sondern durch Lehre und gutes Beispiel erfolgen.